清代国子监祭酒，满缺、汉缺各一人，清顺治元年定品秩为满员三品，汉员四品，并兼太常寺少卿衔；十六年定制为从四品。
顺治元年（1644年），以国子监隶属礼部，十五年（1658年）取消隶属礼部；康熙二年（1663年），仍隶属礼部，十年（1671年）再取消隶属礼部。雍正二年（1724年），于祭酒之上另外特简一员国子监管理监事大臣。四年（1726年），议准如翰林院侍读学士、侍讲学士、詹事府少詹事、春坊庶子、国子监祭酒等官缺出，将现任翰林院侍读、侍讲、春坊谕德、洗马、司业论俸升补一员，进士举人出身之给事中、监察御史、郎中论俸升补一员。乾隆十一年（1746年）定满汉祭酒为进士专缺，出缺时由监管理监事大臣开列进士出身官员题请补授。[2]
清代祭酒执掌国子监大学礼乐之法，国子监生授课、评比优劣；每年仲春、秋上丁日，释奠，释菜，综典礼仪；皇帝临雍时，则执经进讲，率诸生圜桥观听；新科进士释褐时，则坐彝伦堂行拜谒簪花礼。祭酒辖下有司业、监丞、博士、助教、学正、学录、典籍等辅佐官职。
民国元年（1912年），国子监废除，改成立历史博物馆筹备处。